前列腺結核大多同時侵犯雙側。早期結核病變出現於前列腺和精囊內的血管附近、粘膜下、導管口或射精管口附近,以後可擴展到前列腺兩側葉、精囊或附睾。和其他部位的結核一樣,前列腺結核早期為卡他性病變,血管周圍有小而密的結核結節。粘膜下病變進一步發展,可致腺體上皮破壞消失,形成結核肉芽腫、乾酪化。乾酪區可見於前列腺的任何部位,其中央壞死,周圍有類上皮鉅細胞圍繞。最後液化或形成膿腫,壞死組織自前列腺管排出而遺留空洞。修復時纖維組織替代結核組織,整個腺體纖維化,致使前列腺增大,呈結節狀且不規則,與周圍器官緊密粘連,堅硬度與癌腫近似。
病變嚴重時可擴展到前列腺周圍組織,使精囊正常組織消失,結核組織密集,乾酪樣病變廣泛,並可使輸尿管末端狹窄。如膿腫形成,可向會陰部潰破,成為持久不癒的竇道。也可向膀胱、尿道或直腸潰破。
最終前列腺結核將繼發感染,或經鈣化而癒合。在顯微鏡下觀察,前列腺結核表現為典型的結核結節,包括中心部位的干酪樣壞死,周邊的上皮樣細胞、組織細胞和朗罕氏鉅細胞,外周的淋巴細胞和纖維母細胞形成的肉芽腫性結節。早期病變中心並無壞死,而只在腺體周圍有由組織細胞形成的小結節,中心為鉅細胞,周邊為淋巴細胞。整個腺體呈慢性炎症性改變。